Mikroskopy sú klasifikované na základe princípu mikroskopie a možno ich rozdeliť na polarizačnú mikroskopiu, optickú mikroskopiu, elektrónovú mikroskopiu a digitálnu mikroskopiu.
1. Polarizačný mikroskop je typ mikroskopu používaný vo výskumných ústavoch pre priehľadné a nepriehľadné anizotropné materiály a má dôležité aplikácie vo vede a inžinierstve, ako je geológia.
2. Optické mikroskopy sa zvyčajne skladajú z optických častí, osvetľovacích častí a mechanických častí. Optický mikroskop dokáže zväčšiť objekt 160-krát s minimálnym limitom rozlíšenia 0,1 mikrometra.
3. Elektrónové mikroskopy majú základné štrukturálne vlastnosti podobné optickým mikroskopom, ale majú oveľa väčšie možnosti zväčšenia a rozlíšenia objektov, pričom využívajú tok elektrónov ako nový svetelný zdroj na zobrazenie objektov.
4. Prenosné mikroskopy sú najmä rozšírením radu digitálnych mikroskopov a videomikroskopov, ktoré sa vyvinuli v posledných rokoch
